A pesar de ser elegido por mayoría de sufragios de la Asamblea para completar el período de Gervasio Posadas y mantener los mismos ministros, a Alvear le iba a resultar muy difícil gobernar.
Por una lado, el retorno de Fernando VII al trono español y la sublevación del ejército del Norte. Por el otro, el artiguismo encendiendo la guerra civil en el interior y la opinión pública de Buenos Aires enconada y rencorosa. El mismo día del juramento era derrotado Manuel Dorrego en la Banda Oriental (Guayabos), y como consecuencia las tropas de Buenos Aires debieron abandonar ese territorio.
Apoyado por la Logia Lautaro, el nuevo gobernante pretendió consolidarse en el mando mediante una acción enérgica y vigorosa que solo sirvió para precipitarse en caída. Para controlar la situación del país pretendió un acercamiento con el Ejército del Norte, pero José Rondeau le negó obediencia por considerar su elección contraria a la voluntad declarada de los pueblos. No obstante, Alvear confirmó en el cargo al general sublevado y mandó dos comisiones para arreglar el problema. También inició negociaciones con José Artigas pero fracasaron por negativa del mismo.
San Martín, nombrado gobernador de Cuyo el año anterior por Posadas, renunció al enterarse de la situación. Su renuncia fue aceptada, designando en su lugar al general Gregorio Perdriel, pero un cabildo abierto reunido en Mendoza rechazó la medida y confirmó a San Martín en el cargo.
Combatido por la opinión pública, por el Cabildo de Buenos Aires por considerarse disminuido en su autoridad y con la abierta rebelión del interior, puede afirmarse que la jurisdicción de Alvear no pasaba de una fracción de lo que hoy es la Provincia de Buenos Aires.
La opinión pública aumentó en su crítica cuando trascendió que había enviado al comisionado García para solicitar el proteccionismo británico. Además, decretó la incorporación forzosa de los ciudadanos a las filas del ejército, impuso tributos extraordinarios y embargó bienes eclesiásticos. Como uno de los últimos recursos, considerando que la situación se tornaba insostenible, el 28 de marzo dictó un decreto por el cual condenaba a muerte a todo aquel que de palabra o por escrito censurara al gobierno, divulgara rumores o promoviese la deserción de las tropas y no denunciara conspiraciones contra las autoridades. Pero todos sus esfuerzos fueron inútiles para sostenerse en su cargo. ¤